El miércoles 13 de diciembre de 2006, Constantino Reyes-Valerio falleció víctima de la violencia de la ciudad de México. Le sobreviven sus tres hijos, tres nietos y su esposa Carolina.
El viernes 15 de diciembre se le rindió un homenaje de cuerpo presente en los jardínes del ex-convento de Churubusco donde Reyes-Valerio fue investigador por varias décadas.
